宏基因组分析专题研讨班
报名截止:2015年 7月17日
日期
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授课题目 |
授课内容 |
第一天 |
宏基因学研究的发展和挑战
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1、宏基因组研究的发展历史 2、典型的宏基因组研究及应用 3、两种宏基因组研究的策略 4、宏基因组数据分析中的挑战 5、数据分析过程中的编程简介 |
QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作)
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1.linux常用命令使用和上机操作 2、单样品物种多样性分析 A)序列聚类OTUs(Operational Taxonomic Units) B)测序深度判定(Rarefaction Curve) C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances) 3、多样品物种多样性分析,包括以下内容: A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图) B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析) C)多样品群落构成比较分析(柱状图) D)Weighted PCA(Principal Component Analysis)分析 E)Unweighted PCA分析 F)组间差异显著性分析 |
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第二天上午 |
基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术 |
一、WGS测序分析的一般流程 1 流程概览 2 文库构建和测序方式选择 3 质量控制和污染序列去除 4 序列整合和分选 5 NR-BLAST和MEGAN分析 6 序列拼接和基因预测注释 7 循环处理 二、经常使用的数据资源和工具(重点) 1 NR/MG-RAST和reference 2 RAPSearch和alignment 3 MEGAN和classification 4 SOAP-denovo和assembly 5 BWA/inGAP和mapping 三、数据统计与结果展示(重点) 1 测序量和拼接效率 2 从比对文件中提取信息 3 物种/功能分类和组成 4 群落结构多样性 5 聚类和相关性 6 其它?? 四、WGS测序分析的典型案例 1 人类微生物组计划-HMP 2 地球微生物组计划-EMP 3 反刍动物胃宏基因组 4 环境病毒组和噬菌体 5 从相关案例看WGS的优势 五、一些工具的操作演示(上机) |
第二天下午 |
宏基因组研究的难点:宏基因组拼接\非拼接策略的数据分析
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1.宏基因组拼接必要性 2.基因组拼接组装算法原理和流程 3. 宏基因组拼接的特点及难点 4. 基于非拼接的宏基因组研究策略 5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用 |
【注】:以上课程信息实际上课为准
【讲师团队】
来自计算中心、老挝黄金赌场北京生命科学研究院、中国地质大学等等,均在生物信息领域有丰富的工作经验。
【收费标准】
参会类型 |
2015.6.1前 |
现场缴费 |
专家代表 |
2000元/人 |
2500元/人 |
学 生 |
1500元/人 |
2000元/人 |
² 包括学费、资料费、上机费。培训期间可免费提供午餐。可协助安排住宿,食宿费用自理。
授课地点:北京,北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
住宿推荐酒店:如家酒店(北清路永丰基地店)
【请联系】
张老师 010-59341771 ,18618295767,QQ号:2814500767,邮箱zhangly@bcc.ac.cn
员老师 010-59341773, 18701529461 , 邮箱:yuanll@bcc.ac.cn
单位全称:北京市计算中心
账 号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(备注:在汇款明细里加上“生物计算事业部——您的姓名”)
报名回执表:
培训班类型:(可多选) |
□宏基因组分析培训班 |
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姓名: |
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性别 |
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民族: |
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职称: |
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身份证号 |
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工作单位: |
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住宿: |
是□;否□ |
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研究方向: |
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通讯地址: |
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固定电话: |
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手机: |
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E-mail: |
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报名种类: |
A□ B□ (该选项仅报名生物信息培训班人员填写) |
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对课程了解情况 |
☆☆☆☆☆ |
感兴趣的课程: |
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信息渠道:
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□中心主页 □邮件宣传(张利英、员丽丽)□海报 □单页 □销售员 □丁香园 □生物论坛 □生物通邮件、主页 □朋友推荐
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发票抬头:
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发票内容: |
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住宿明细
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入住时间: 离店时间:
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房间类型 |
□大床间 □标间 □合住 □不合住 □拼房(与其他学员拼标间)
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备注: |
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确定报名后,请将回执表发到上述联系人邮箱里。如在两日内没有收到回复,请电话联系确认。
会议时间 | 2015-07-18至2015-07-19 |
会议地点 | 北京海淀区 |
主办单位 | 北京市计算中心(生物计算事业部) |
联系人 | 员老师 |
电话 | 010-59341773 |
yuanll@bcc.ac.cn | |
官方网址 | http://bioc.bcc.ac.cn/bcc/China/shengwuxinxipeixun/2015-03-18/195.html |
声明:
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